生产企业出口退税申报系统”最基础最重要的工作是“基础数据采集”，这一环节为整个后期数据的基础，为了避免后期工作量反复，首先围绕“基础数据采集”讲解大家在录入中注意的问题。
一、在当月出口收入确认后，需要将相应金额从“出口货物明细申报录入”窗口录入到出口退税申报系统。
1、虽然此时公司都不能取得纸制报关单、核销单，报关单中的内容不能预先知道，但此系统要求公司业务人员必须将报关单中内容预先告之财务人员，包括报关中条数、每条中商品码、数量、金额、贸易形式等。如当月不能预先知道，后期收齐单证工作量翻倍。
2、预先知道报关单中的内容，在录入时一定要按报关单中每一条数为一个序号录入，在纸制报关单、核销单未收齐时，只录每一条数中商品码、数量、金额、贸易形式，如贸易形式为进料对口，一定要录入进料手册号，进料手册号未登记的同时在该月进行登记，报关单、核销单号一定为空，单证不齐标志录BH。
3、进料加工企业当月发生进料业务，手册号必须进行登记。所附列的资料如属当月实际进料但当月不能提供进料报关单复印件，在打印出的进料明细表上注明“缺关单”。
4、进料加工企业当月打印出的进料明细表，如果外币不是美元而是其他币种，因进料明细表只打印出外币金额折合成美元金额，请企业在该笔外币业务边注明外币金额，并将外汇汇率在备注栏注明，便于税务局核对。当月出口收入如果外币不是美元而是其他币种，系统打印同样会出现此种情况，处理方法如上。
二、当月有收齐前期单证录入应注意问题。
1、当月有收齐前期单证，进入“收齐出口单证明细录入”界面，如果前期出口明细按上述第一条规范录入，只将该序号调出把空的报关单、核销单号补录，单证收齐标志录BH即可。此时一定注意待报关单、核销单全齐后一起录入，可以提供其中一种不得录入。
2、录入报关单号，如一张关单有三项，在录入时按三个序号分别录关单号后加001、002、003三个项号加以区分，如一张关单只有一项后只加001。
3、如果前期出口明细未按上述第一条规范录入，发现纸制报关单任何一个项目当时录入错误（包括商品码、数量、金额、贸易形式等），都不能在“收齐出口单证明细录入”窗口改，要从“生成出口货物冲减明细”窗口做原数冲减，具体操作是选择需要冲减的序号，点击右上红字“冲减出口”确定后退出，再到“出口货物明细申报录入” 窗口，原数冲减以Z001为序号的负数金额体现在当月，再以Z002为序号将正确的数据录入，冲减的序号不可序号重排。在做冲减时，不得录入报关单、核销单号，单证不齐标志一定要录“BH“，以Z002为序号将正确的数据录入，单证不齐标志空白。企业报关单以CIF价报关，确认出口收入需扣除相应运保费确认FOB价收入，也需从“生成出口货物冲减明细”窗口做原数冲减，按上述步骤操作。
4、如果企业在录入“收齐出口单证明细录入”已经操作生成正式申报后，发现收齐出口单证明细录入关单号、数据等有错误需退到“出口货物明细申报录入”修改，在“收齐出口单证明细录入”窗口右上方点击红字撤销接单，数据再行修改。
三、“生成出口货物冲减明细” 窗口应注意问题。
1、不能随意冲减，一定等到纸制单证报关单、核销单全齐时，确属申报有误，方可按冲减程序操作。
2、冲减前期生成出口货物，数据在当月反映，要以原申报数据进行冲减，不可更改，不可删除。
四、生成预审数据，一致性检查如出现疑点“报关单、核销单号为空”可忽略直接生成预审数据。
五、大厅出口申报窗口预审后反馈FK文件，企业一定要进行操作，先读入，可以进行“出口信息不齐情况查询”，企业如果将报关单、核销单号在“收齐出口单证明细录入”录入，单证收齐标志录BH，预审后系统会自动审核，告诉企业该部分单证哪笔出口信息不齐；可以进行“预审疑点反馈情况查询”有疑点如属于企业录入问题，企业一定撤消申报进行相应修改，否则正式申报后，还会通知企业到税务局来重新修改；必须进行“税务机关反馈信息处理”，此功能将预审反馈信息情况自动逐笔在收齐单证上注上标志，也是下一步进行正式申报的基础。凡有单证不齐的需在系统中撤单，纸制单证也不要上交。
六、企业基础数据准确后，在生成汇总表时，一定注意出口收入口径与明细表一致，与增值税申报表一致，自核一下表内逻辑关系。如果特殊情况，增值税申报表已经网上传送无法调整，在生成汇总表时出口收入因某种原因有调整，出现出口收入口径与增值税申报表不一致，差额会反映在汇总表C栏，企业可以申报，企业写明差额产生原因，当月必须保证增值税申报表中出口销售额应与明细表、汇总表当月出口收入一致，差额统一在下月增值税申报表当期数中调整。
七、增值税改新的申报表后由于新表中对有率差的企业“免抵退税不得抵扣进项税额”反映在《增值税纳税申报表附列资料》（表二）中，企业在进行出口申报时需增加提供《增值税纳税申报表附列资料》（表二），便于审核。
八、生产企业出口退税申报系统升级版后，系统增加有“单证收齐且信息齐全报表”可以分“前期单证收齐且信息齐全报表”和“当期单证收齐且信息齐全报表”2种，这2种报表相应合计数与汇总表中相应数据有对应关系。汇总表中单证收齐金额为系统自动生成，如出现不一致，企业应自查原因，不得用手改动。“前期单证收齐且信息齐全报表”含多个月的单证时，在“前期单证收齐且信息齐全报表”中注明各月收齐金额，便于核对。
九、其他注意事项。
1、汇总表当月有应退税额在下月内销增值税申报表15栏中反映。
2、每月底务必到三所领取反馈的汇总表（一式两份）和免抵退明细表一份及正式申报反馈软盘一张（有的地方地方申报反馈软盘在正式申报时就可以直接反馈回来的），有进料加工的还应领取进料明细表和贸易免税证明各一份。
3、正式申报反馈盘建的反馈文件夹路径是：A: \fk05 (如果是所属期6月份，文件夹是fk06, 以此类推。) 请在进行下一月的预审前，在申报系统里读入此反馈信息。
4、下月征期申报资料时同时报送一张空白软盘，并按照第2条的要求建立文件夹，以备正式申报反馈信息用，以此类推。