随着我国市场经济的发展，涉及交通运输业的代理经营形式迅速发展，如：物流业、联运、分运、货代等形式的交通代理经营方式随之产生。这么多种形式的交通运输业经营方式，一些纳税人往往不知如何正确缴纳营业税。
仔细分析，交通运输业的代理可以分为以下几种方式：
第一种是代理者与货主签订代理协议，受货主的委托，以货主的名义与运输企业签订运输协议，并以货主的名义与运输企业结算运费，代理者向一方或双方收取手续费。
第二种是代理者与货主签订运输协议，并与货主结算运输费用，具体的运营业务完全由代理者寻找其他运输企业来完成，此即我们通常所说的货代。
第三种是代理者与货主签订运输协议，并与货主结算运输费用，具体的运输业务由代理者本身与其他运输企业联合完成，也称为联运。
第四种是代理者与货主签订运输协议，并与货主结算运输费用，代理者承揽了这笔运输业务后，由于本身的运力不能单独完成运输任务，而分出一部分运输业务由其他运输企业来完成，并且分出的一部分由代理者向分运方支付运费，也称为分运。
第一种形式是纯粹的代理行为，应该按“服务业──代理”缴纳营业税，其计税营业额为向一方或双方收取的代理手续费收入。
第二种形式是按“服务业”纳税还是按“交通运输业”纳税存在争议。从其形式上看，代理者与货主签订的是运输协议，承诺代理货物的运输，从其表面上看按“交通运输业”纳税似乎较符合政策规定。但从实际情况分析，代理者并不是交通运输业务的提供者，其提供的只是中介服务，若按“交通运输业”纳税，代理者税负较重，难以承受。因此，对第二种形式的货运代理仍按“服务业———代理”缴税较为合理，其计税营业额为其收取的代理手续费收入，而该货运代理者应该使用服务业发票来收取代理手续费，而不应该使用交通运输业发票。
第三种形式是代理者与其他运输企业的联合运输行为，即联运，应按“交通运输业”纳税。所谓联运是指两个以上运输企业完成旅客或货物从发送地点至到达地点所进行的运输业务。联运的特点是一次购买、一次收费、一票到底。也就是说，货主只对一个运输企业（货运代理者），运输企业（货运代理者）根据货主的要求组织两种以上运输方式，完成旅客或货物从发送地点至到达地点所进行的一种松散型联合运输形式。根据现行税法规定，运输企业从事联运业务的营业额为其实际取得的收入。在确定货运代理者运营业务计税依据时，以收到的收入扣除支付给联合运输者的运费、装卸费、换装费等费用后的余额计算缴纳营业税。允许扣除的依据，以对方填开的运输发票或税务机关认可的抵扣凭据为准。
第四种形式实际是交通运输业代理者从事交通运输业的分运业务。该交通运输业者与货主签订运输协议，承揽这笔运输业务后，由于本身的运力不足或者时间的因素而造成不能在规定的时间内完成运输任务，而分出一部分运输业务由其他运输企业来完成，并且分出的一部分由代理者向分运方支付运费，不与货主发生任何关系。对于这种形式应该按照“交通运输业”来纳税，且使用交通运输发票来作为收取费用的合法凭证。对于这种经地方税务机关批准使用运输企业发票，按“交通运输业”税目缴纳营业税的单位将承担的运输业务分给其他运输企业并由其统一收取价款的，以其取得的全部收入减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额。
还有一点要说明的是，对于第三种、第四种扣除支付给第三方的运费后作为计税营业额的必须符合以下三个条件：
一是交通运输业代理者必须本身参与该项交通运输业务；
二是联运合作方或分运方必须向该货运代理者开具交通运输业发票；
三是该货运代理者必须将其接受的交通运输业发票作为原始计账凭证，妥善保管，以备税务机关检查。